La prueba de aliento, en este momento es la mejor alternativa para diagnóstico y seguimiento, identifica la presencia de la bacteria a través de los compuestos que genera en su ciclo vital. El Helicobacter pylori produce ureasa, una enzima, que rompe las moléculas de urea que se producen en el estómago durante la digestión; de esta reacción obtiene amoniaco (que le ayuda a neutralizar la acidez gástrica) y bióxido de carbono (CO2), el cual pasa al torrente sanguíneo y puede ser medido en el aire que el paciente elimina a través de su respiración. Exhalar CO2 marcado confirma la presencia de H. pylori, por lo que todo resultado positivo indica que se debe iniciar tratamiento.