El procedimiento es realizado en una sala especial con todas las condiciones de seguridad, privacidad y comodidad requeridas. El paciente se acuesta en la camilla de medio lado. Se retiran las prótesis dentales removibles cuando existen. Se coloca un protector bucal que evita las mordeduras al endoscopio y disminuye las molestias al paciente durante el paso del endoscopio. Se aplica anestésico local (Xilocaina) para disminuir las náuseas y la tos durante el examen. El anestésico local facilita la deglución del endoscopio pero a su vez da sensación de atoramiento pasajero, molestia que pasa poco después de terminado el procedimiento. El médico pasa el endoscopio a través del esófago hasta llegar al estómago y hasta la segunda porción del duodeno, la insuflación de aire durante el estudio produce distensión y eructos pero es lo que permite la visualización de la superficie interna o mucosa digestiva y por lo tanto realizar un examen de mejor calidad. El endoscopio no interfiere con su respiración normal y durante todo el examen, el paciente, puede respirar adecuadamente. Se puede sentir el movimiento del endoscopio dentro del abdomen; el examen y la toma de biopsias no son dolorosos. Cuando el paciente lo prefiere se coloca una sedación intravenosa. Esto último consiste en la aplicación de un medicamento (de efecto corto y suave) que produce un cuadro de relajación, tranquilidad y amnésia durante el examen. En este caso el paciente no sentirá ninguna molestia.