La utilidad principal de la Ecoendoscopia es la estadificación local de tumores tanto benignos como malignos Determina con precisión la profundidad que alcanza un tumor, si invade o no órganos vecinos y si afecta a ganglios próximos al tumor. También es de utilidad en la detección precoz de posibles recidivas de tumores ya tratados. Tiene utilidad para visualizar y caracterizar algunas otras lesiones no tumorales situadas en la proximidad del tubo digestivo. Mediante la utilización de un ecoendoscopio y una aguja especial se puede obtener material para ser estudiado al microscopio y dar un diagnóstico preciso. En manos experimentadas es la técnica que más orienta al cirujano de cara a decidir el tratamiento más adecuado.